防守基地的核心在于构建多层次的防御体系，包括合理布局防御设施、选择高防御属性的领袖、持续升级设施等级以及科学分配兵力。基地主城级别直接影响整体防御能力，高级别主城能显著提升基地耐久和防卫火力。通过交叉式布局炮塔等防御设施，确保敌人从任何方向进攻时都能受到有效拦截，强弱设施交错分布可避免防御漏洞。同时优先升级基地近防系统和防御系统，这两项直接关联基地耐久上限和防卫机库容量，是抵御大规模进攻的基础保障。
情报收集是防御的前提条件，利用扫描功能全面掌握敌方舰队构成和进攻路线。扫描会消耗探测器资源，需合理安排使用频次。通过侦查提前发现敌方增援动向，可针对性调整防御策略。若发现敌方采用高攻城火力的舰队组合，应及时补充防卫机库中的舰载机编队，因为舰载机在防守时能无限次出击且不受攻击。基地护盾作为应急手段需谨慎使用，开启需3小时预热且持续5小时后进入冷却，适合在预判大规模进攻前启动。护盾虽能抵御常规攻击，但无法阻挡穿透型武器或饱和式围攻。
兵力分配需动态调整，初期可将较多兵力部署在基地周边，但随着等级提升需平衡防御与对外作战的需求。防卫机库的配置尤为关键，建议搭载防空型舰载机应对敌方航母编队，同时搭配对舰机型克制战列巡洋舰。注意基地防御主要起拖延作用，真正防御依靠停泊在基地的战列巡洋舰和巡洋舰组成的常备舰队。当基地位于交战区时，建议保持至少两支满编舰队随时待命，并通过增援指挥中心实现快速联防。若身处资源稀疏区且无直接威胁，则可适当降低防御投入。
联盟协作能大幅提升防御效率，与盟友建立联防体系可使进攻方需要同时应对多方位打击。前哨站的战略布置也影响防御效果，选择易守难攻的地形建造前哨站，并与盟友前哨形成犄角之势。资源管理方面，确保金属和晶体储备充足以快速修复受损设施，重氢则用于维持高级防御设施运转。当基地耐久归零触发自动故障保护机制时，系统会将基地重建在新位置，应立即启动应急预案，利用预制模组加速关键建筑重建，并通过盟友增援获得喘息时间。
后期防御需注重技术压制，研发护盾增强科技和防御设施强化技术能显著提升能效比。定期分析战斗报告优化防御薄弱环节，针对频繁遭遇的舰船类型调整防卫火力配比。完全依赖防御设施无法取得战略主动，最佳防守策略是建立威慑性舰队，使敌方在进攻前需权衡代价。保持防御体系的动态进化，根据赛季环境调整防御重心，才能在长期对抗中维持基地安全。
