昆虫授粉是植物变异活动的核心玩法之一，通过授粉可以改变植物状态，培育出不同颜色的变异植物。玩家需要先完成植物杂交任务，向梅森领取初级花粉瓶，并在梅森的花园商店购买标注为变异的杂交异变种子。播种同一品种但不同颜色的花朵种子后，待植物成熟时，其头顶会出现花粉瓶标志，使用花粉瓶采集花粉即可。
采集到的花粉会储存在背包的花粉栏中，玩家需要选择目标植物，点击使用花粉进行授粉。授粉时必须使用同类植物但不同颜色的花粉，例如紫色牵牛花需选用红色花粉。成功授粉后植物会进入变异等待期，期间可使用高级化肥缩短等待时间，或使用神奇配方提高变异成功率。需注意处于授粉状态的植物不可用篮子收获，否则将中断变异过程。
昆虫授粉的具体实施需要借助蝴蝶等传粉昆虫。玩家需前往虫虫谷，在特定树木附近使用拉姆捕捉蝴蝶幼虫，随后在家园牧场的昆虫屋中养殖。蝴蝶成虫需要喂食虫虫营养果汁，该道具可在梅森小屋通过合成获得，配方需要1个苹果。养殖成熟的蝴蝶会具备授粉能力，可对指定植物进行授粉操作。
授粉系统的设计体现了生物杂交的基本原理，不同颜色的花粉交互会产生新的性状表达。游戏通过简化现实中的植物杂交过程，保留了变异机制的科学性。玩家在操作过程中需注意花粉的匹配性，同类植物间的授粉才能触发有效变异，这需要玩家对植物品种有基本认知。
该玩法将农业科学知识与游戏机制有机结合，通过可视化的花粉采集和授粉操作，让玩家直观理解植物变异的过程。系统设定授粉存在等待期，模拟了植物生长的自然规律，而化肥和配方的加入则平衡了游戏效率与真实性。昆虫授粉作为辅助手段，进一步丰富了游戏的生态互动性。
