清理摩尔庄园家园需要掌握多种工具的使用方法和清理技巧。清除小石块需要使用铁镐工具，在工具栏中找到铁镐后点击行动按钮，系统会自动寻找最近的小石子进行敲打。对于大一点的具有稀有金属的高等石块，则需要带星级的铁镐处理，可以在梅森的小屋升级铁镐。路面的小石子则需要在家园地图的右下角找到编辑按钮，走到想要调整的小石子路旁边点击拿起就可以调整位置了。清理树木则需要使用斧头工具，打开工具栏后选择斧头图标，靠近树枝点击使用即可完成清理。
杂草、树枝和石头等杂物每日都会自动刷新生成，使用对应农具进行割草、砍枝和砸石等操作，不仅能保持家园整洁，还能获取农场主经验。单次采集基本为25经验值，这是提升农场等级的途径之一。对于放错的土地，可以打开工具界面选择铲子，然后选择要去除的土地来耕地并点击使用铲子，使用后这块土地就可以恢复成平地。如果遇到地面无法开垦的情况，可能是游戏卡顿导致的bug，可以先放一个地砖在挖不开的地面上，然后再将地砖移除，或者重启游戏等待几分钟后再尝试。
目前游戏中有三种主要处理方法：将垃圾进行分类扔进垃圾桶（功能暂未完全开放）；找到NPC花婶进行对话，选择卖东西将垃圾售卖；或者任意选择一个NPC点击赠礼，将垃圾赠送出去。背包满了的情况下，除了清理垃圾，还可以将物品出售给游戏中的小摊贩换取摩尔豆，或者通过好友界面把多余的物资赠送给好友。仓库也是一个不错的选择，可以把暂时不需要的东西储存到仓库里面。
薰衣草等装饰性植物的管理也属于家园清理的范畴。种植薰衣草种子后，在成熟之后可以选择不收割，虽然是农作物但也可以充当装饰来美化家园。可以按照自己想法挖出一条路种满薰衣草，得到一条花路，但需要注意存在被好友偷菜的风险。合理规划种植区和装饰区的布局，既能保持家园整洁美观，又能提高农场生产效率。季节性作物的选择和及时收获也是维持家园整洁的重要因素。
日常维护是保持家园长期干净的关键。每天清理自动刷新的杂草、树枝和石头，既能获取经验值又能保持环境整洁。放置洒水器三秒后即可关闭，这种小技巧能提高效率。动物养殖区域需要定期清理畜舍，保持动物心情愉快才能获得更多优质产物。参加农场相关活动，完成订单任务能获得丰厚奖励，用于购买更多维护工具和装饰物品。与NPC保持良好关系，随着亲密度提升可能获得高级种子或漂亮服饰，这些都能帮助更好地装扮和清理家园。
