通灵兽和密卷的选择是提升战斗力的关键因素之一。通灵兽主要通过提供额外技能或增益效果辅助战斗，而密卷则能弥补忍者技能短板或增强特定战术效果。两者的搭配需综合考虑忍者特性、战斗节奏以及敌方阵容，合理选择能显著提升胜率。高爆发型忍者更适合搭配增伤类通灵和密卷，而缺乏控制的忍者则需优先选择抓取或硬控类辅助手段。
攻击型通灵如螃蟹、鲨鱼适合高爆发忍者，能在短时间内造成大量伤害；而控制型通灵如熊猫、蛤蟆仙人则能为缺乏反手能力的忍者提供保护或打断敌方连招。通灵的释放时机也至关重要，例如在敌方替身后使用范围型通灵可压制走位，或在己方技能真空期用通灵填补输出缺口。部分通灵还附带团队增益效果，如鲨鱼的攻击力提升或蛤蟆吉的多段伤害，需根据战局灵活调整。
密卷的核心作用在于弥补忍者弱点或强化优势。扦插之术是典型的抓取类密卷，适合缺乏控制的忍者，配合暴击效果可打出极高爆发；冻雪则能破解敌方霸体状态，适用于对抗依赖霸体的对手。若忍者本身技能连贯性强，可选择查克拉密卷快速回复奥义点，实现连续大招压制。密卷的冷却时间和覆盖范围也需纳入考量，例如风杀阵虽范围大但前摇明显，更适合预判性释放。
高阶玩家需注重通灵与密卷的联动效果。例如扦插之术配合螃蟹通灵能在控制期间打出满额伤害，而霸体密卷与熊猫通灵的叠加使用可形成双重保护。部分密卷如解术散能有效反制敌方通灵，需根据对手习惯调整策略。通灵的解锁和进阶顺序也影响实战表现，优先激活攻击属性加成的通灵天赋可更快提升战力。
尽管理论上有最优解，但实际对战中需根据版本变动、忍者平衡调整以及个人操作习惯不断优化。建议在练习模式中测试不同组合的连招流畅度，并观察顶尖玩家的配置思路。资源有限时应优先培养通用性强的通灵和密卷，如熊猫、扦插等，再逐步开发特定战术的专属搭配。
